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未経験でも1日でわかる RNA-seq からの分子機序解明

今回ご紹介した RNA 調製、サンプル保存、NGS ライブラリ調製、NGS データ二次解析、三次解析(解釈)、仮説の検証、遺伝子発現の絶対定量について、ご相談お待ちしております。多くのお客様とディスカッションしてきた弊社の担当者は、実験デザインから期待されるデータ、その研究に必要な試薬、機器、インフォマティクスツールの総合的なお話ができます。是非、ご相談ください。

2024年6月開催分

プログラム

内容	発表
「私の実験系、どんなふうにRNA 精製すればよいの？」状態の良い RNA を手にするためには、精製工程は重要です。しかし「私のサンプルの場合、どのように精製すればいいの？」、「精製で気を付けるべき点は何？」、といった疑問はありませんか？本セッションでは、サンプル種毎にどのようなキットを選択すればよいのか、精製時に気を付ける点は何か、精製 RNA の状態確認はどの様に行えば良いかをご案内します。またサンプル採取後すぐに精製できない場合、保存も大切で、RNA の発現プロファイルが変わってしまうという事に繋がりかねません。サンプル採取と保存方法もご紹介します。	安島　潤株式会社キアゲン
「RNA-seq のライブラリー調製試薬を選ぶポイントは？」「RNA-seq に必要な試薬って？」、「ライブラリー調製試薬ってどんなものがある？選ぶポイントは？」、「rRNA を簡単・短時間に除去する方法はある？」、「複雑そうな解析をまずは無償で試してみたい」、そんな疑問・ご要望に沿う情報を中心にご紹介します。	平山　美緒子株式会社キアゲン
「NGS 生データを遺伝子発現データに変換するの、難しくないの？」 RNA-seq 解析を行う場合の重要なステップとして、シーケンスプラットフォームからの fastq データの各遺伝子発現情報への変換や二群間での発現変動遺伝子の計算があります。無償のツールを組合せての解析パイプラインの構築には、ある程度の知識の習得や各ツールの互換性の維持などが求められ、不慣れな研究者を悩ませます。ここでは、QIAGEN CLC Genomics Workbench を用いて、ソフトウェアの画面操作のみで、専門知識不要の RNA-seq 解析をご紹介します。時間をかけずにご自身で NGS データの二次解析を実行できます。	古谷　昭博株式会社キアゲン
「意味不明の遺伝子発現データから意味のある仮説は立てられるの？」 RNA-seq 解析で、例えば薬剤の投与前と投与後の各 mRNA の発現変動のデータがあったとします。この数万の mRNA の存在量の変化から、薬理の分子機序仮説を考えるのは簡単ではありません。この場合、「膨大な mRNA の存在量の変化を一度に考慮に入れられる？」、「そもそも mRNA の存在量の変化は、タンパク質の活性と関係あるの？」、「仮説に自信がないけど、なにかいいヒントはないの？」というような典型的な疑問があります。今回は、これらの疑問にお答えしていきます。	國田　竜太株式会社キアゲン
「分子機序仮説の実験的検証、どうしたらいいの？」解析対象の現象の分子機序に、ある遺伝子 X が関与しているのか、調べる手段の一つはノックダウンです。ノックダウンを行うための良く知られたツールは siRNA ですが、キアゲンでは Antisense LNA GapmeRs も用意しています。siRNA とは異なる作用機序であるため、siRNA の効果が低い場合の選択肢になります。特に高濃度で使用するとトランスフェクション試薬無しでも作用するため、トランスフェクション試薬に高感受性の細胞株やトランスフェクションが難しいとされる初代培養細胞、in vivo でマウス投与まで行えます。siRNA と GapmeR、2つのツールで分子機序仮説を検証しませんか？	安島　潤株式会社キアゲン
「dPCR だからできる発現解析」遺伝子発現解析は、定量範囲の広いリアルタイム PCR を用いて実験することが一般的です。しかしデジタル PCR でも絶対定量とエンドポイント測定という特徴を活かして、エッジの利いた発現解析を行うことができます。本セッションではデジタル PCR だからこそできる発現解析の例をご紹介いたします。	佐藤　元株式会社キアゲン